憨豆特工3故事发生在A国，男主角赵健带领自己的黑狼小队为A国将军察猜护送货物，半路遇见游击队的伏击。赵健抓住游击女队长章玲，才知道黑狼小队运送的并不是人道主义货物，而是人体实验的原料。将军察猜为了一己私欲，以人体为实验。章玲请求黑狼小队帮助被拒绝，回程路上，黑狼小队在丛林中发现了人体实验后惨状，赵健难忍心中痛意，退出黑狼小队决定和章玲一起对抗察猜。而队友们纷纷支持决定一起讲察猜组织一网打尽，告慰枉死的冤魂。