天空之城本剧改编自同名小说，讲述了位于东京新宿的高中夜校，那里有各种各样的学生在上学。年龄和背景都各不相同的他们身边，来了一位神秘的理科教师藤竹。根据藤竹的指引，他们以在教室再现“火星的火山口”的实验学会发表为目标，不过，自身的障碍，家庭内的问题，无法切断的人际关系等各种各样的困难阻挡着…